Зубко воспитанник петрозаводской ДЮСШ-7. В 90-м году 16-летнего Дениса пригласили в петрозаводскую команду «Спартак», где он провёл 13 матчей и забил один мяч.
В 1992 году Зубко заканчивал 11-й класс футболист в северной столице, играя за «Смену-Сатурн». После первого круга руководство команды предложило Денису поиграть в швейцарском «Цюрихе». Денис решил попробовать, став едва ли не самым юным российским футболистом-легионером, уехав в Швейцарию в 18 лет. По приезду Дениса отправили в фарм-клуб «Цюриха» – «Баден-Баден». Целый год оказался потерянным.
Из Швейцарии вновь вернулся в «Смену-Сатурн». В конце сезона-94 Павел Садырин пригласил Зубко в «Зенит». За два сезона в «Зените» Зубко принял участие в 49 матчах, забив в них 11 мячей. В 1997 году «Зенит» принял Анатолий Бышовец и Денис, посоветовавшись с Садыриным, решил отправиться в «Ротор». В составе «Ротора» Зубко отыграл 8 сезонов, проведя за это время 192 матча и забив 24 мяча. Восемь матчей Денис сыграл за волгоградскую команду в Кубке УЕФА.
Было два предложения вернуться в «Зенит» – когда команду тренировали Анатолий Давыдов и при Властимиле Петржеле. Однако, Зубко остался в «Роторе». По итогам 2004 года «Ротор» вылетел в первый дивизион. Денис оказался в Екатеринбурге, после переговоров с Григорием Ивановым и Александром Побегаловым. Отыграв два сезона за «Урал» Денис Зубков в 2007 году переехал в Грозный, где помог «Тереку» выйти в Премьер-лигу.
Одним из наиболее успешных в бомбардирском плане для Зубко стал сезон-2008 в «Кубани», когда в 42 матчах 34-летний нападающий забил 18 голов и помог «Кубани», как годом ранее «Тереку», выйти в Премьер-лигу.
Сергей Овчинников не взял с «Кубанью» Зубко в элиту. Денис решил попробовать силы в Казахстане, куда его пригласил в «Атырау» Антон Шох. В «Атырау» Денис был капитаном команды и стал лучшим бомбардиром клуба, забив 9 мячей, из них 5 с пенальти. В составе «Арытау» Денис Зубко стал обладателем Кубка Казахстана, забив победный гол в финале, и получив награды из рук самого Мишеля Платини.
После введения в Казахстане возрастного лимита на легионеров возвратился в Екатеринбург, отыграв ещё один сезон за «Урал». Потом вновь оказался в Волгограде. «Ротор» по итогам сезона-2011/12 вышел в ФНЛ, а Зубко отправился в Волжский, в дочернюю команду «Энергию».
В 2013 году 38-летний Зубко закончил карьеру игрока в волжской «Энергии». В клубе ему предложили остаться в качестве помощника главного тренера. В январе у Дениса появилась возможность пойти учиться в Высшую школу тренеров на категорию «В», и Денис решил не терять времени. Иначе ему пришлось бы ждать следующего года.
Когда окончил школу тренеров, стал главным тренером. Потом в связи со сложной финансовой ситуацией город закрыл клуб. В 2014 году Зубко поступило предложение от Олега Веретенникова вернуться в «Ротор» помощником главного и Денис его с благодарностью принял.
После двойного успеха 2014 года петрозаводская «Карелия» по воле Главы республики в спешном порядке заявилась на сезон 2015-2016 в зону «Запад» ПФЛ. У Виктора Дуденкова не оказалось необходимой лицензии и в команду за пару недель до старта Первенства пригласили Дениса Зубкова.
Ехал 40-летний Зубко в свой родной город в «Карелию» с мечтою создать команду на года. Не получая зарплаты с ноября по февраль включительно, а потом и с марта, футболисты под руководством Дениса Зубко одержали 5 побед, 5 поединков свели вничью и 18 матчей проиграли. Поразила низкая домашняя посещаемость. Хуже с болельщиками обстояли дела только у московской команды «Строгино».
31 мая 2016 года у всех игроков и сотрудников «Карелии», завершившей сезон в зоне «Запад» с 20 очками на предпоследнем 13 месте, закончились контракты. Никто и ни с кем их не продлил, и продлевать не планировал. Все игроки и тренерский штаб во главе с Зубко в один день оказались безработными и банально выброшенными на улицу.
В конце февраля 2017 года 42-летний Денис Зубко стал главным тренером «Коломны».
Денис Зубко:
«В ближайших планах «Коломны» пока просто улучшить игру команды, добиться максимально высокого результата. Задачи выйти в ФНЛ нет. До неё ещё надо дозреть. Наш клуб развивает свою инфраструктуру. У нас стабильная материально-техническая база, но пока не уровня ФНЛ.
Ребятам говорю – получайте удовольствие от игры. Надо свою работу делать так, чтобы все от неё получали удовольствие – и мы, и зрители».
Владимир Богатырёв